En el año 1981 se creó el Servicio Nacional de Abastecimiento de Agua Potable y Alcantarillado SENAPA sobre la fusión de la Dirección General de Obras Sanitarias del entonces Ministerio de Vivienda y Construcción y las empresas de saneamiento de Lima Metropolitana ESAL, Arequipa ESAR y Trujillo ESAT. Estas pasaron a denominarse SEDAPAL, SEDAPAR y SEDAPAT, respectivamente, y constituyeron empresas filiales del SENAPA, que concentró las funciones rectora, reguladora y de prestación de servicios.
Hasta el año 1990 se crearon progresivamente 15 filiales y 12 unidades operativas, entre ellas la de Moquegua. Ese año se transfirió a las municipalidades provinciales y distritales la titularidad de las acciones de las filiales del SENAPA, a excepción de SEDAPAL, al igual que se hizo con las unidades operativas.
En este marco, el entonces alcalde de la Municipalidad Provincial de Mariscal Nieto Ing. Antonio Cabello Oviedo; resolvió constituir la Empresa Municipal de Saneamiento de Moquegua ESAMO, mediante Resolución de Alcaldía N° 26-91-A/MUNIMOQ del 16 de enero de 1991. Fue creada con personería jurídica de derecho público, de duración indefinida y con un capital social representado por 4,320 acciones, según consta en la Partida Registral N° 11000111 de la Superintendencia Nacional de los Registros Públicos Zona Registral XIII-Sede Tacna del 25 de febrero del año 1991. Fue reconocida por la Superintendencia Nacional de Servicios de Saneamiento - SUNASS, en base a la Resolución Nº 046-94- PRES/VMI/SSS.
Según Resolución de Junta Empresarial N° 003-1997-JE- ESAMO del 17 de marzo del año 1997, la empresa se transformó en sociedad de responsabilidad limitada y quedó denominada Entidad Prestadora de Servicios de Saneamiento Moquegua - EPS Moquegua S.R.Ltda. El capital varió a 1’120,106 soles, divididos en igual valor de participaciones.
El 28 de abril del año 2006, por acta de sesión extraordinaria de la junta empresarial, se acordó la transformación de la EPS Moquegua S.R.Ltda. a EPS Moquegua S.A., una empresa pública de derecho privado que se rige por la Ley General de Sociedades (Ley N° 26887) y que tiene por objetivos: (a) la prestación del servicio de agua potable, que comprende captación, almacenamiento, conducción y distribución de agua tratada; (b) la recolección, el tratamiento y la disposición final de aguas servidas; y (c) la disposición sanitaria de excretas.
En el año 2014 El alcalde de la Municipalidad Provincial de Mariscal Nieto Mg. Alberto Cuayla Vilca y presidente de la Junta General de Accionistas de la EPS Moquegua S.A., mediante oficios: N° 512-2014- A/MPMN y N° 774-2014-A/MPMN; manifestaron que la empresa se encontraba en situación de insolvencia financiera y solicitaron la intervención del Organismo Técnico de la Administración de los Servicios de Saneamiento – OTASS y la aplicación del Régimen de Apoyo Transitorio - RAT.
Con Oficio N° 0702-2014-GG/EPS Moquegua S.A., la empresa presentó el Acta de Sesión Extraordinaria de la Junta General de Accionistas del 9 de diciembre de 2014, mediante la cual se aprueba la intervención del OTASS, según lo señala el artículo 23° inciso d) de la Ley N° 30045, Ley de Modernización de los Servicios de Saneamiento. Por otro lado, mediante la Resolución de Consejo Directivo N° 002-2014- OTASS/CD,del 23 de diciembre del 2014, la OTASS acordó el inicio del RAT a la EPS Moquegua S.A.
El 30 de enero del 2015 con Resolución Ministerial N° 021-2015-VIVIENDA, se ratifica el Acuerdo adoptado por el Consejo Directivo del OTASS en la Resolución de Consejo Directivo N°002-2014-OTASS/CD, declarando el inicio del RAT de la EPS Moquegua S.A. Con Resolución Ministerial Nº 021-2015-VIVIENDA publicada en el diario El Peruano en fecha 03/02/2015, el Ministerio de Vivienda, Construcción y Saneamiento ratifica el acuerdo adoptado por el Consejo Directivo del Organismo Técnico de las Administración de los Servicios de Saneamiento – OTASS, a través del cual se declara el inicio del Régimen de Apoyo Transitorio – RAT de la Entidad Prestadora de Servicios de Saneamiento Moquegua Sociedad Anónima – EPS MOQUEGUA S.A. conforme a lo dispuesto en la Resolución de Consejo Directivo Nº 0021-2014-OTASS/CD.
El Organismo Técnico de las Administración de los Servicios de Saneamiento – OTASS, en el marco de sus atribuciones del RAT, en fecha 25 de Julio 2017 comunica la designación del Directorio y la designación del Ing. Juan de Dios Manrique Reyes como Gerente General de la EPS MOQUEGUA S.A., mediante los Oficios Nº 519 y 520-2017-OTASS/DE, respectivamente.
Según la SUNASS, la empresa está clasificada como una EPS de tamaño mediano, dado que cuenta con 22,075 conexiones de agua y 20,804 conexiones de alcantarillado. A inicios del año 2017, EPS Moquegua S.A. atiende a una población de 59,583 habitantes y cuenta con una cobertura de agua potable del 95% y una cobertura de alcantarillado del 84%.